细菌、病毒分属于微生物，检测原理、项目、送检要求、资质（CMA/CNAS）差异很大，下面把常用检测类型、方法、样品、适用场景整理好。
总菌落数、大肠菌群、大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、沙门氏菌、志贺氏菌、李斯特菌、铜绿假单胞菌、霉菌酵母菌等。
培养法（传统国标）：接种培养基培养计数 / 分离鉴定，CMA 报告常用，周期 2‑5天；优点结果可靠，缺点耗时久。
PCR 荧光定量：快速筛查细菌核酸，1‑2天出结果，只能证明存在核酸，不能区分活菌死菌。
酶底物法：水质大肠菌群快速检测。
水质、食品、化妆品、环境空气沉降菌、物体表面擦拭样、医疗器械、土壤。
诺如病毒、轮状病毒、腺病毒、手足口病毒、呼吸道病毒、噬菌体（病毒指示物）等；环境样品一般不做全部活病毒，多做核酸筛查。
qPCR 荧光核酸检测：检测病毒核酸，常用，1‑2天；只能检出核酸，不等于有活病毒、不代表具备感染性。
细胞培养（活病毒分离）：验证是否存在活的感染性病毒，周期长 7‑14天，成本高，很多普通实验室不具备。
注意：环境、食品样品做活病毒分离难度很高，大多只做核酸筛查。
饮用水 / 污水：细菌：总大肠、耐热大肠、大肠杆菌；病毒：肠道病毒、腺病毒核酸。
食品：致病菌（沙门、金葡、李斯特）；诺如、轮状病毒核酸。
公共场所物体表面：菌落总数、致病菌擦拭采样。
化妆品：菌落总数、霉菌酵母菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌。
医疗环境：细菌菌落、致病菌，部分呼吸道病毒核酸。
报告用途：验收、环评、产品备案需要CMA 资质报告；科研筛查可以 CNAS。
采样：微生物样品对采样容器、保存温度、送检时效要求严格，样品不能常温久放，一般 4℃冷藏，尽快送检。
核酸阳性≠活病毒：PCR 测出病毒核酸，只能说明有病毒基因片段，不能直接判定会造成感染，活病毒才具备传染性。
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