答复：总公司签合同，分公司开票并收款，是允许的。但是需要总公司授权协议。根据《国家税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》（国家税务总局公告 2017 年第 11号）规定：“二、建筑企业与发包方签订建筑合同后，以内部授权或者三方协议等方式，授权集团内其他纳税人(以下称“第三方”)为发包方提供建筑服务，并由第三方直接与发包方结算工程款的，由第三方缴纳增值税并向发包方开具增值税发票，与发包方签订建筑合同的建筑企业不缴纳增值税。发包方可凭实际提供建筑服务的纳税人开具的增值税专用发票抵扣进项税额。”注意：1、总公司与发包方签订建筑合同2、由内部授权或三方协议的方式，总公司授权分公司为发包方提供的建筑服务3、由分公司直接与发包方结算工程款4、分公司可以向发包方开具增值税发票，发包方可以抵扣增值税款
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