分公司虽然有公司字样，但它不是真正意义上的公司，因为分公司不具有企业法人资格，不具有独立的法律地位，不独立承担民事责任。分公司办理税务登记时，税务机关会要求确认是独立核算还是非独立核算，那什么是独立核算?什么是非独立核算?
独立核算是指分公司单独设立账簿、凭证，对经营活动进行全面、系统的会计核算。非独立核算是指分公司不单独设立账簿、凭证，而是将经营活动的财务资料定期上报给总公司，由总公司进行汇总核算。
独立核算与非独立核算的分公司在增值税方面：《增值税暂行条例》第二十二条规定，增值税纳税地点：固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县(市)的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税;经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。独立核算与非独立核算的分公司跨地区汇总缴纳企业所得税的：独立核算的分公司单独核算应纳税所得额，由总公司汇总计算，按分配比例计算分配后各总分机构就地预交;非独立核算的分公司由总公司统一核算应纳税所得额，按分配比例计算分配后各总分机构就地预交。
根据《国家税务总局公告2012年第57号》国家税务总局关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的公告第二条规定：居民企业在中国境内跨地区(指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同)设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业(以下简称汇总纳税企业)，除另有规定外，其企业所得税征收管理适用本办法。第五条规定：不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。目前青岛地区汇总纳税的分支机构，预交企业所得税时的税率通按25%计算。
