1、设立的目的不同。设立出口加工区主要是为了改革加工贸易的监管模式，遏制屡禁不绝的加工贸易走私现象。由现行的开放式的无担保管理模式向特定区域的封闭式管理模式转变，是由1999年3月出台《关于进一步完善加工贸易银行保证金台账制度的意见》之后的又一项重大举措。 保税区设立的目的是为了借鉴国外自由贸易区的先进经验，在我国境内划定特定区域，作为改革开放的“试验区”。那么保税区会不会被出口加工区冲垮呢？我们认为不会，第*个保税区设立至*天已经10年了，虽然15个保税区各自有自己的特色，但是经过这么多年的探索，也总结出了一些共性的东西。 出口加工业是基础，没有基础是发展不起来的，或者说是不稳固的。当加工业发展到一定阶段以后，就会向更高层次飞跃，保税区已经开始向区域性的物流分拨中心和自由贸易区转变。随着加入世贸组织，放开进出口经营权后，保税区将会有更大的发展。 2、政策对比。 通过仔细研究出口加工区与保税区的政策，我们可以认识到：出口加工区的政策与保税区的政策着重点不同，因此不可以说出口加工区比保税区更优惠。两者区别在于： （1）从区外进入加工区的国产机器设备、料件、基建物资可以向税务部门申请办理出口退税；而保税区必须是货物离境才可办理退税。（2）出口加工区区内加工企业，不得将未经实质性加工的进口原材料、零部件销往境外或区外。区内从事仓储服务的企业，不得将仓储的原材料、零部件提供给区外企业。保税区则无此限定，而且这正是保税区*能发挥功能优势的独特之处。 （3）加工区运往区外的货物，海关一律按照制成品征税。 保税区则不同，实际操作中大多按料件征税。 （4）原则上出口加工区企业不得委托区外企业进行产品加工。而保税区则可以委托区外企业进行加工。 （5）加工区不得经营商业零售、一般贸易、转口贸易及其他与加工区无关的业务。出口加工区功能、目标单一，难以发挥出口贸易的关联效应。 而保税区具有三个基本功能，三个功能互相促进，协调发展。 3、随着经济全球化和中国加入wto后的扩大开放，跨国企业的目光已盯住了中国巨大的潜在市场，出口加工区对它们来说，吸引力不会很大。而保税区作为一个进入中国有市场的“缓冲区”，将是跨国企业商品流通的一条主渠道。 因此可以说出口加工区利于“出”而保税区利于“进”。
保税区，出口加工区