一般蔬菜大棚用上三年左右，就会发生土壤次生盐碱化或土传病害，严重影响蔬菜栽培。土壤消毒是减轻蔬菜大棚连作障碍及保持土壤生产力的有效途径，可有效提高蔬菜大棚的利用率。其zui简便有效的方法是太阳能消毒。在7、8月份高温季期间，将大棚土壤深翻耙平灌水后覆膜密封30～40天，棚内土温可达50℃以上，能有效杀灭土中病菌与害虫。
针对蔬菜大棚的次生盐碱化问题，生产实践上通常采取以下措施：
1. 灌水覆膜密封7～10天后排水，重复以上操作三次，可快速降低土壤盐分；
2. 有机、无机肥结合使用。施入腐熟完全的有机肥，每亩以2000公斤计。该措施可改善土壤结构，多余盐分能被有机物吸附，植物根系不受高盐分渍害；
3. 在水分管理上摒弃沟灌、漫灌等粗放措施，有条件的尽可能使用滴灌、喷灌、微喷等设施，减少因不当灌溉引起的土壤板结、因湿度过大引起的病害等；
4. 进行土壤理化性质测定。一般高龄棚土壤中氮磷钾含量都会很高，了解土壤养分含量后，可用单质化学肥料进行平衡，不要再盲目使用高浓度复合肥。这样既降低了农本又有利于土壤环境的改善。
