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1901年秋，马相伯借徐家汇老天文台余屋(所属耶稣会)，开始招收生徒办学。1902年，在蔡元培等建议下，马相伯决定要创办大学，并将学校命名为震旦学院。1903年2月27日，震旦学院正式成立，马相伯自任院长，耶稣会派出一些传教士担任教师，3月开始上课，有学生20人。

震旦，意谓"中华曙光"，源自古印度语cīnsthāna(中国)的音译，含"东方日出旦明"之意。印度旧称中国为"云汉国"、"震旦国"、"脂那"、"支那"、"神州"，均为同义。西文译震旦为"aurora"。

震旦学院创办后，发展很快，至1904年初在校学生已经翻了4倍，1907年达到170多人，于是在在卢家湾区(今重庆南路两侧)建立了一座新校园。在传教士p·h·阿莱任教务长时，震旦以法国的学士学位教程为楷模，提出一套三年制预科教程、一套三年制教程。教程分文理两部分，培养目标是使学生取得相当于法国硕士学位的证书。