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1952年秋，在全国高校院系调整中，震旦大学被撤销，其医学院和圣约翰大学医学院、同德医学院在原址合并成立上海第二医学院;

其余系科分别并入复旦大学、上海医学院、华东师范大学、交通大学、同济大学、华东化工学院、华东政法学院、上海财政经济学院、南京大学、南京师范学院;震旦附中和震旦女附中在震旦女子文理学院原址合并改为上海市向明中学。震旦大学原址现为重庆南路227号和280号上海交通大学医学院校舍。