两者都是常用啮齿类模式动物，小鼠偏小、成本低；大鼠体型大、样本量足，行为 / 反应更接近人，实验选择看研究目的。
表格
| 体重 | 20‑30g | 180‑300g |
| 常用品系 | C57BL/6、BALB/c、KM、ICR | SD 大鼠、Wistar 大鼠 |
| 饲养成本 | 低，饲养笼密度高 | 高，占用笼位更大 |
| 取血 / 组织 | 血量少，脏器小；很难多次大量采血 | 血样充足，脏器大，适合多次采血、手术造模 |
| 基因编辑 | 成熟，大量基因敲除 / 敲入模型可用 | 基因编辑难度更高，模型少 |
| 行为学 | 适合焦虑、抑郁、痛觉；部分行为范式局限性大 | 适合认知、运动、神经损伤、成瘾，行为表型更稳定 |
| 毒理 | 初筛、体内、急毒 | 长期毒理、药代、外科造模（心梗、脑缺血、肝损伤） |
| 给药 | 尾静脉、腹腔、灌胃、皮下 | 尾静脉、股静脉、颈静脉，手术插管给药更方便 |
基因相关研究：基因敲除、转基因、免疫研究（肿瘤免疫、炎症）
肿瘤模型：皮下荷瘤、原位瘤，初筛
免疫学、炎症、自身免疫病
高通量药物初筛，样本量大，预算有限
急毒性试验，短周期体内实验
短板：血液样本少，不适合反复采血；外科大手术难度高。
药物安全性评价：长期重复给药毒性、药代动力学 PK，法规毒理很多优先大鼠
外科造模：心梗、脑中风、脊髓损伤、肾切除、肝损伤，手术操作空间大
行为学：学习记忆、成瘾、抑郁焦虑、疼痛，表型比小鼠更稳定
心血管、高血压、糖尿病（自发性高血压 SHR 大鼠）
需要多次采血、收集尿液、胆汁等生物样本
短板：基因编辑模型少，繁育周期长，成本更高。
需要基因敲除 / 转基因 → 选小鼠
需要做大手术、多次采血、长周期毒理、药代 → 选大鼠
肿瘤免疫、细胞免疫机制研究 → 小鼠
心血管、神经损伤、药物非临床安全性评价 → 大鼠
预算有限，大批量动物筛选 → 小鼠
物种差异：同一药物在小鼠、大鼠结果可能不一致，不能直接互相外推到人。
品系差异很大：同样是小鼠，C57BL/6 和 BALB/c 炎症反应不一样；SD 和 Wistar大鼠对药物敏感性不同。
给药剂量换算：小鼠、大鼠给药剂量不能直接照搬，需要按体表面积换算给药剂量。
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