自然人股东转让公司股权，应按照财产转让所得适用20%的比例税率缴纳个人所得税。正确计算这一税负，需要准确理解计税公式和各项扣除。
（一）应纳税所得额的计算
应纳税所得额 = 股权转让收入——股权原值——合理费用。
（二）应纳税额的计算
应纳税额 = 应纳税所得额 × 20%。
（一）收入的基本范围
股权转让收入是指转让方因转让股权而取得的全部经济利益，包括现金、实物、有价证券及其他形式的经济利益。
（二）低价转让的特殊处理
如果股权转让价格明显偏低且无正当理由，税务机关有权按照净资产核定法、类比法或其他合理方法进行核定调整。
（三）视为转让收入的情形
以股权对外投资、以股权抵偿债务、股权被强制执行等情形，均视为股权转让收入。
（一）初始出资取得的股权
以货币出资方式取得股权的，股权原值为实际缴付的出资额。需提供银行转账凭证、出资证明等材料。
（二）受让方式取得的股权
通过购买方式取得股权的，股权原值为购买时实际支付的价款及相关税费。
（三）转增资本情形下的原值
公司以未分配利润、盈余公积转增资本的，自然人股东对应的股权原值相应增加，但须先就转增部分缴纳个人所得税。
（一）可扣除的费用范围
合理费用是指在股权转让过程中实际发生的、与转让直接相关的税费，主要包括印花税（成交价的万分之五）、资产评估费、公证费、中介服务费等。
（二）费用扣除的证明要求
各项费用的扣除需提供合法有效的凭证，如印花税税票、评估费发票、律师费发票等。
假设某自然人股东以100万元初始出资取得公司20%股权，现以300万元的价格将该股权全部转让。转让过程中支付印花税1500元、评估费5000元。
应纳税所得额 = 300万 - 100万 - 6500元 = 199.35万元。应纳税额 = 199.35万 × 20% = 39.87万元。
（一）扣缴义务人的责任
股权转让的个人所得税，由受让方作为扣缴义务人，在支付股权转让价款时依法代扣代缴。
（二）自行申报的情形
如果受让方未履行扣缴义务，或转让方为非居民个人，转让方需自行向税务机关申报纳税。
（三）申报时限
扣缴义务人应在代扣税款之日起7日内向税务机关申报缴纳。自行申报的，应在股权转让行为发生后次月15日内申报。
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