深圳公司收到异常增值税专用发票，该如何进行税务处理？

一、立即核实发票异常情况

1. 仔细阅读税务机关通知：明确异常发票的具体信息，如发票代码、号码、开票方名称、金额、异常原因等。

2. 区分异常类型：判断是开票方被列为非正常户、发票被认定为虚开、发票内容与实际业务不符，还是其他税务风险（如三流不一致、税率适用错误等）。

3. 核对发票信息：检查发票是否为本公司取得，开票方是否为合作供应商，发票内容（货物/服务名称、数量、金额）是否与合同、付款凭证、物流单据等一致。

4. 追溯业务链条：确认异常发票对应的业务是否真实发生，资金流、货物流、发票流是否“三流一致”。

5. 检查抵扣情况：登录增值税发票综合服务平台，查看异常发票是否已勾选抵扣，若已抵扣需计算需转出的进项税额。

二、主动配合税务机关调查

1. 按要求提交资料：包括异常发票的原件及复印件、对应业务的合同、协议、付款凭证、银行流水、物流单据（如运输发票、入库单、出库单）等。

2. 配合约谈或现场检查：安排财务负责人或业务经办人配合税务机关调查，如实陈述情况，避免隐瞒或虚假陈述。

3. 提供补充材料或解释说明：对税务机关提出的疑问，及时提供补充材料或解释说明，确保调查顺利进行。

4. 申请协查：若怀疑发票真实性但无法自行核实，可向税务机关申请协查，由税务机关通过金税系统或跨区域协作机制核查开票方情况。

三、根据调查结果分类处理

1. 发票被认定为“异常凭证”但业务真实：

2. 若税务机关允许补充证明材料，需在30日内提供合同、付款、物流等证据，证明业务真实性。

3. 经核实后，税务机关可能解除异常状态，允许继续抵扣进项税额。

4. 需在规定期限内完成申诉，逾期未处理可能导致进项税额转出及滞纳金。

5. 保留所有沟通记录和提交材料的复印件，以备后续复核。

6. 已申报抵扣进项税额的异常凭证：

7. 除另有规定外，一律作进项税额转出处理。

8. 在收到税务机关通知的当期申报期内，通过《增值税纳税申报表附列资料（二）》第23a栏“异常凭证转出进项税额”填报需转出金额。

9. 若已抵扣导致少缴税款，需补缴税款及按日加收万分之五的滞纳金。

10. 尚未申报抵扣或出口退税的异常凭证：

11. 暂不允许抵扣或办理出口退税。

12. 若已办理出口退税，适用增值税免抵退税办法的纳税人需根据异常凭证上注明的增值税额作进项税额转出处理；适用增值税免退税办法的纳税人，税务机关将追回已退税款。

13. 对税务机关认定的异常凭证存有异议：

14. 可向主管税务机关提出核实申请。

15. 经税务机关核实，符合现行增值税进项税额抵扣或出口退税相关规定的，可继续申报抵扣或重新申报出口退税。

四、特殊情形处理

1. 纳税信用A级纳税人：

2. 自接到税务机关通知之日起10个工作日内，可向主管税务机关提出核实申请。

3. 在税务机关出具核实结果之前，暂不作进项税额转出处理。

4. 若逾期未提出核实申请或经核实确认不符合抵扣规定，则需继续作进项转出处理。

5. 异常凭证解除后：

6. 若异常凭证被税务机关解除，对应增值税专用发票可按照现行规定继续抵扣。

7. 纳税人应先通过增值税发票综合服务平台对相关发票再次进行抵扣勾选，然后在办理抵扣勾选税款所属期增值税及附加税费申报时，将允许继续抵扣的税额以负数形式计入《增值税及附加税费申报表附列资料（二）》第23a栏“异常凭证转出进项税额”栏次。