前期准备：企业需确保产品配方合规，原料使用比例符合《中国药典》及食品安全标准，可委托省级以上食品药品检验研究院进行预评估，提高正式申报通过率。
提交申请：认证委托人需提交合法经营资质文件复印件、生产加工经营基本情况、产地（基地）区域范围描述、管理手册和操作规程、承诺守法诚信声明等材料。
申请材料审查：认证机构根据药食同源产品认证依据、程序等要求，在 10个工作日内对提交的申请文件和资料进行审查，申请材料齐全、符合要求的，予以受理；不予受理的，应书面通知并说明理由。
现场检查：受理申请后，认证机构委派具有相应资质和能力的检查员组成检查组，制定书面检查计划并提前通知认证委托人。检查组会对企业的管理体系进行评审，核实生产、加工、经营过程与提交文件的一致性，确认与认证依据的符合性，并采集必要的样品。
样品检测：对现场检查采集的样品进行检测，检测结果作为认证决定的重要依据之一。
认证决定：根据现场检查结果和样品检测报告等，认证机构做出是否颁发认证证书的决定。通过核查后 15个工作日内颁发认证证书，证书有效期一般为 3 年。
认证公告：认证机构对通过技术审查的企业发布药食同源产品认证公告，并颁发药食同源产品认证证书、标识。
后续管理：获证企业需接受认证机构每年至少一次的监督检查，认证机构会根据获证产品种类和风险等情况，科学确定现场检查频次及项目。
