前期咨询与申请：企业联系具有资质的认证机构，如中国农业科学院农产品质量标准研究中心等，了解认证要求、费用和时间安排等。随后填写认证申请表，并提交营业执照、产品说明等初步资料。
资料审核：认证机构对企业提交的资料进行审核，包括企业资质证明、产品原料来源证明、生产工艺流程图及质量控制文件、产品标签及说明书等，确认其完整性和合规性。若资料不完整或不符合要求，企业需补充或修改。
现场检查：资料审核通过后，认证机构派遣审核员到企业进行现场检查。审核员会查看原料采购记录及供应商资质、生产线的隔离措施、产品检测记录及质量控制体系等，确保生产环境、原料存储、生产过程等符合非转基因产品的要求。
抽样检测：现场检查合格后，审核员会从生产线或成品库中抽取样品，送往指定的实验室进行转基因成分检测。检测方法通常采用PCR 技术，检测结果需符合规定的阈值。
认证决定：认证机构根据资料审核、现场检查和检测结果，综合评估企业是否符合非转基因认证标准。如符合要求，将颁发非转基因产品认证证书；不符合则告知企业问题所在，企业整改完成后可重新申请。
监督与复评：证书有效期一般为 1-3年，在有效期内，认证机构会进行不定期抽查或年度审核。证书到期前，企业需申请复评，重新提交资料并完成审核流程，以确保企业持续符合认证要求。
