前期咨询与申请：企业联系具有资质的认证机构，了解认证要求、费用及时间安排等。认证机构会根据企业产品类型和生产流程提供初步评估和建议。企业需填写认证申请表，并提交营业执照、产品说明等初步资料。
资料审核：认证机构对企业提交的资料进行仔细审核，检查资料是否完整、真实，产品是否符合认证基本要求。资料包括企业资质证明、产品原料来源证明、生产工艺流程图及质量控制文件、产品标签及说明书等。若资料有问题，认证机构会通知企业补充完善，若不符合要求，可能会直接驳回申请。
现场检查：资料审核通过后，认证机构会派遣审核员到企业生产现场进行检查。审核人员会查看原料储存情况，确认是否与转基因原料混放；检查生产加工过程，确保设备清洁到位，无交叉污染风险；还会查看标识管理等情况。
样品检测：现场检查没问题后，审核人员会从生产现场或成品中抽取样品，送到指定的检测机构进行转基因成分检测。一般来说，检测结果要么是未检出转基因成分，要么是符合规定的阈值。
认证决定：认证机构会根据资料审核、现场检查和样品检测的结果，综合评估后做出是否颁发证书的决定。如果一切都符合要求，就会颁发非转基因产品认证证书；若有一项不达标，会告知企业问题所在，让企业进行整改，整改完成后可重新申请。
监督与复评：证书通常有 1-3年的有效期，在有效期内，认证机构会进行不定期抽查或年度审核，确保企业持续符合认证要求。证书到期前，企业需申请复评，重新提交资料并完成审核流程。
