肥料的安全性直接影响土壤健康和农产品质量，因此需检测其中的病原微生物（如蛔虫卵）和有毒有害物质。以下是相关检测方法的详细说明。
《NY 884-2012 生物有机肥》（适用于有机肥、生物肥料）
《GB 20287-2006农用微生物菌剂》（适用于含微生物的肥料）
取10g肥料样品，加入100mL无菌生理盐水（0.85%NaCl），振荡30min，静置沉淀。
取上清液，离心（3000r/min，5min），收集沉淀物。
采用饱和溶液（密度1.38~1.40g/cm³）浮选法分离蛔虫卵。
将浮选液离心，取沉淀镜检，计数蛔虫卵数量。
将蛔虫卵置于2%硫酸溶液中，25~30℃培养14天，观察孵化情况。
活卵：能孵化出幼虫或具有正常形态。
死卵：无孵化能力或形态变形、破裂。
死亡率（%） =（死卵数 / 总卵数）×
合格要求：蛔虫卵死亡率 ≥ 95%（NY 884-2012）。
《GB 38400-2019肥料中有毒有害物质的限量要求》 规定了肥料中重金属、有机污染物等的限量标准。
| 重金属 | ||
| 镉（Cd） | GB/T 23349-2020（ICP-MS/AAS） | ≤ 3（有机肥） |
| 铅（Pb） | GB/T 23349-2020 | ≤ 50（有机肥） |
| 汞（Hg） | GB/T 23349-2020 | ≤ 2（有机肥） |
| 砷（As） | GB/T 23349-2020 | ≤ 15（有机肥） |
| 铬（Cr） | GB/T 23349-2020 | ≤ 150（有机肥） |
| 有机污染物 | ||
| 苯并[a]芘 | HJ 784-2016（HPLC） | ≤ 0.5 |
| 石油烃（C10~C40） | HJ 1021-2019（GC-FID） | ≤ 500 |
| 多氯联苯（PCBs） | HJ 743-2015（GC-MS） | ≤ 0.2 |
重金属检测：采用微波消解（HNO₃-H₂O₂），然后用ICP-MS或AAS测定。
有机污染物检测：
苯并[a]芘、PCBs：索氏提取（正己烷/丙酮），HPLC或GC-MS分析。
石油烃：超声波萃取（正己烷），GC-FID检测。
所有检测项目均需符合GB38400-2019的限量要求，否则判定为不合格肥料。
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