如何利用LC-MS/MS进行高通量肽组学分析？

肽组学（Peptidomics）是研究生物样本中天然存在的内源性肽段（通常小于10 kDa）的科学领域。这些肽段广泛参与神经调节、免疫应答、激素信号、代谢控制等生理活动，具有重要的功能性和潜在标志物价值。相比蛋白组学，肽组学更贴近蛋白质实际裂解、加工和翻译后修饰的状态，能敏锐反映生物系统的动态调控。但由于肽段短、丰度低、异构多，研究难度较高。

为克服这些挑战，液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）成为高通量肽组学分析中zuì关键的技术平台。它不仅能jīngzhǔn识别肽段序列，还可实现高通量、广覆盖、多样本并行的表达差异分析。

LC-MS/MS在高通量肽组学分析中的角色定位

1、什么是LC-MS/MS？

（1）LC（Liquid Chromatography）：将复杂肽段混合物分离，按亲水性/疏水性顺序进入质谱，提高识别率

（2）MS（Mass Spectrometry）：测定肽段的质量（m/z），初步判断其分子量

（3）MS/MS（Tandem MS）：将目标肽段碎裂，再次检测其碎片模式，从而推断氨基酸序列

在肽组学中，LC-MS/MS技术实现了从复杂生物样本中分离、识别、定量内源肽段的全过程。

高通量肽组学分析完整流程解析

1、样本收集与肽段富集

内源性肽段广泛存在于以下样本中：

（1）血清 / 血浆

（2）尿液

（3）脑脊液

（4）组织匀浆

（5）细胞上清或裂解液

富集方法：

百泰派克采用多策略组合富集方案，提升短肽、多肽修饰种类的捕获效率。

2、液相色谱分离（LC）

内源性肽段种类繁多，保留行为复杂，LC阶段主要任务是在进入质谱前按理化性质将肽段分离，提高鉴定深度。

（1）使用纳升流量nanoLC系统（如EASY-nLC 1200）提高灵敏度

（2）常用C18反相色谱柱，缓冲体系为水-乙腈梯度洗脱

（3）分离时间通常为60–120分钟，以平衡通量与深度

3、串联质谱采集（MS/MS）

常见质谱采集模式：</p>

百泰派克支持DDA+DIA联合采集，结合肽组数据库辅助识别，提升肽段解析效率。

4、数据处理与肽段识别

（1）数据库搜索

* 使用如 PEAKS、MaxQuant、Spectronaut 等工具进行肽段匹配

（2）定量分析

* Label-free、iTRAQ、TMT 等定量方式可选择

（3）功能注释

* GO富集、KEGG通路映射、蛋白-肽段反向追踪

LC-MS/MS在高通量肽组学分析中的技术优势

LC-MS/MS肽组学的科研应用

神经科学：分析神经递质肽、记忆调控肽段（如神经肽Y）

肿瘤研究：识别肿瘤相关裂解肽段、新抗原或微环境信号肽

免疫学：结合HLA肽组学，解析免疫识别机制

代谢紊乱：发现内分泌调节肽与代谢通路关联

药效学研究：监测药物干预前后肽段表达动态变化

百泰派克生物科技：高通量肽组学分析全流程服务

作为国内lǐngxiān的多组学平台服务商，百泰派克提供从样本到结论的一站式LC-MS/MS肽组学研究服务，包括：

✅ 多样本类型处理（组织、液体、细胞等）

✅ 富集策略优化与磁珠方案定制

✅ 高分辨LC-MS/MS平台（Orbitrap Exploris、等）

✅ DDA、DIA、PRM等采集模式任选组合

✅ 多维度差异分析 + 通路富集 + 网络构建

✅ 支持与蛋白组、代谢组、转录组联合分析

肽组学为理解复杂生物过程提供了更高维的窗口，而LC-MS/MS正是将这些肽段从混沌中分离、识别、定量的“核心武器”。它让我们能够走近真实的蛋白加工过程、功能片段表达谱与病理调控机制。百泰派克生物科技将继续依托先进的质谱平台、经验丰富的生信团队和严谨的服务体系，帮助科研人员zuì大限度释放高通量肽组学分析的科学价值。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.zhuānyè生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，zuì后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从zuì小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等zhuānyè服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，zhuānyè提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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