医药制造企业36个常见涉税风险点

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浙江省杭州市上城区大唐商务大厦809室
更新时间
2026-05-04 08:30

详细介绍-

1、农产品虚开虚抵

(1)从非农业生产者处购买的农产品开具了农产品收购发票,存在不予抵扣进项税额的风险;

(2)发生了交易,但人为操纵农产品收购数量或价格,造成不缴或少缴税款,存在行政处罚或被认定为虚开发票的风险;

(3)未发生交易,虚开农产品收购发票。

2、存在房源信息但是未申报房产税

有房产税源登记,但是未申报房产税(或者0申报)。

3、房产税源登记不准确

企业纳税人有房屋契税入库但是未做房产税源登记、自然人纳税人有商业房屋契税入库未做房产税源登记。

4、纳税人申报房屋折旧未申报房产税

纳税人申报房屋折旧但是未查询到房产税申报记录。

5、纳税人固定资产增加未申报房产税

纳税人固定资产增加但是未查询到房产税申报记录或者房产原值未做调整。

6、有房产交易未申报房产税

有房产交易但是买卖双方没有申报房产税。

7、实收资本与资本公积增加少缴印花税

纳税人实收资本与资本公积增加应按照实收资本与资本公积的和缴纳营业账簿印花税。

8、长期股权投资发生变化少缴印花税

长期股权投资发生变化少缴印花税风险。

9、开具租赁发票少缴租赁合同印花税

纳税人开具租赁发票少缴租赁合同印花税。

10、少报买卖合同印花税

买卖合同与企业经营密切相关,纳税人签订的采购和销售合同都需要缴纳买卖合同印花税。

11、未按期申报车购税风险

车辆购置税的纳税义务发生时间为纳税人购置应税车辆的当日。纳税人应当自纳税义务发生之日起六十日内申报缴纳车辆购置税。

12、免税条件消失未补缴车购税风险

免税、减税车辆因转让、改变用途等原因不再属于免税、减税范围的,纳税人在办理纳税申报时,应当如实填报《车辆购置税纳税申报表》。发生二手车交易行为的,提供二手车销售统一发票;属于其他情形的,按照相关规定提供申报材料。尤其是第一任车主为回国服务的在外留学人员或长期来华定居专家,车辆转让后应由购买方补申报缴纳车辆购置税。

13、企业取得临时占地批文未及时申报缴纳耕地占用税

企业取得临时占地批文未及时申报缴纳耕地占用税。

14、企业违法占地未及时申报缴纳耕地占用税

企业违法占地,自然资源主管部门下达处罚文书之后未及时申报缴纳耕地占用税。

15、存在城镇土地税税源信息但是未申报房产税

有城镇土地税源信息登记,但是未申报城镇土地税(或者0申报)。

16、城镇土地税源登记不准确

企业纳税人有契税入库但是未做城镇土地使用税源登记、自然人纳税人有商业房屋契税入库未做城镇土地税源登记。

17、纳税人申报房屋折旧未申报城镇土地税

纳税人申报房屋折旧但是未查询到城镇土地使用申报记录。

18、纳税人固定资产增加未申报城镇土地使用

纳税人固定资产增加但是未查询到城镇土地使用税申报记录。

19、有房产交易未申报城镇土地使用税

有房产交易但是买卖双方没有申报城镇土地使用税。

20、残保金未按期申报、缴纳风险

残疾人就业保障金实行按年申报,用人单位应于每年7月1日—10月31日申报缴纳残疾人就业保障金,由于申报间隔时间较长,缴费人容易遗忘,造成未申报或逾期申报缴纳风险。

21、残保金未享受优惠政策风险

用人单位应于每年4月30日前,按规定如实向用人单位所在地区(市)残疾人就业服务机构申报上年本单位安排的残疾人就业人数。未按规定时限申报的,视为未安排残疾人就业。缴费人未在规定期限向残联申报,就无法享受相应安置比例对应的减征、免征优惠。

22、申报不准确少缴残保金风险

用人单位在职职工工资总额,按照国家统计局关于工资总额组成的有关规定执行。缴费人不熟悉此项政策,易与个人所得税、企业所得税相关政策混淆,导致少申报缴纳残疾人就业保障金。 

23、月销售额不超10万元(季销售额不超30万元)应享未享两费免征政策风险

根据财税〔2016〕12号文件规定,缴费人月销售额不超10万元(季销售额不超30万元),可以享受教育费附加、地方教育附加免征政策。当缴费人月销售额不超10万元(季销售额不超30万元)缴纳了教育费附加、地方教育附加时,可能存在多缴风险。

24、增值税小规模纳税人、小型微利企业和个体工商户应享未享两费减半征收政策风险

根据财税〔2019〕13号、财税〔2022〕10号、财税〔2023〕12号等文件规定,增值税小规模纳税人、小型微利企业和个体工商户可以享受教育费附加、地方教育附加减半征收优惠政策。当增值税小规模纳税人、小型微利企业和个体工商户按照计征依据全额缴纳教育费附加、地方教育附加时,可能存在多缴风险。

25、两费计征依据未扣除留抵退税风险

根据财税〔2018〕80号文件规定,实行增值税期末留抵退税的缴费人,允许其从教育费附加、地方教育附加的计征依据中扣除退还的增值税税额。当取得增值税期末留抵退税,但未从教育费附加、地方教育附加的计征依据中扣除退还的增值税留抵退税税额时,可能存在多缴风险。

26、增值税、消费税已退税两费未退费风险

根据财税字〔1986〕120号、财税〔2021〕28号等文件规定,教育费附加、地方教育附加计征依据应扣除直接减免的两税税额。直接减免的两税税额,是指依照增值税、消费税相关法律法规和税收政策规定,直接减征或免征的两税税额,不包括实行先征后返、先征后退、即征即退办法退还的两税税额。对于因直接减免两税而发生退税的,应同时退还已征的教育费附加、地方教育附加。当取得两税退税,但未取得教育费附加、地方教育附加退费时,可能存在多缴风险。

27、免抵税额未计征两费风险

根据财税〔2021〕28号文件规定,经税务部门正式审核的当前免抵的增值税税额,应纳入教育费附加、地方教育附加的计征依据。当免抵的增值税税额未纳入教育费附加、地方教育附加计征依据时,可能存在少缴、漏缴风险。

28、漏缴契税、印花税风险

缴费人变更土地用途,自然资源部门会与缴费人签订补充合同,补缴土地出让价款。根据印花税、契税的计税依据同时应补缴印花税和契税;契税纳税义务发生时间为改变土地使用条件当日,纳税人应自纳税义务发生时间起90日内申报缴纳契税;印花税纳税义务发生时间为纳税人书立应税凭证或者完成证券交易的当日,产权转移书据印花税可以按季或者按次申报缴纳。

29、节约能源、使用新能源车辆减免优惠政策不应享享受的风险

节约能源、使用新能源车辆适用减免税优惠错误,不应享而享受。

30、挂车申报车购税未申报车船税

挂车车辆在核心征管中存在车购税申报记录,但无车船税申报记录。

31、“标准浓度值”采集不准确

标准浓度值采集不准确,进而引发应享未享、违规享受税收优惠风险。

32、监测机构监测纳税人“标准值”为空

标准浓度值采集不准确,进而引发应享未享、违规享受税收优惠风险。

33、有“排污许可”应报未报

生态环境部门传递排污许可信息,若许可污染物属于应税污染物,而未申报环保税,即存在应申报未申报风险。

34、“施工许可”应报未报

获取施工许可信息,未申报环保税的,即存在应申报未申报风险。

35、虚增会议费超额税前扣除风险

会议费可以在企业所得税前全额列支扣除,业务宣传费在当年限额扣除,业务招待费限额扣除且超标部分在以后年度不得结转扣除,与生产经营无关的赞助支出不能税前扣除。正是这样的区别,使得医药制造企业在财务处理中把“会议费”作为一个框,各种餐费、赞助、礼品赠送等支出都放入其中,导致销售费用激增,隐藏巨大税收风险。

36、接受虚开发票风险

从2017年年初国家试点“两票制”——即从制药厂到药品流通企业开一次票,从流通企业到终端医疗机构开第二次票。“两票制”对药品价格在当前阶段并未产生显著影响,反而因为“两票制”的影响使得流通环节的销售返利、销售佣金等无法通过多次开票进行利益分配。在这种情况下大量的中介机构公司涌出,而医药制造业与这些机构公司的合作的真实性、合理性也成为了制药企业涉税风险的关键。


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