注册资金为5万的有限责任公司能开增值税专用发票吗？

可以开增值税专用发票。

是否可以开增值税专用发票跟注册资金多少无关，跟是否为增值税一般纳税人有关。

根据增值税划分，企业分为增值税小规模纳税人和增值税一般纳税人两种，一般来说如果公司规模小业务少，可以按小规模纳税人进行开票纳税，征收率也比较低，每季度申报一次，比较省事，但只能开普通发票（必要时，可以到税务局代开专票）。

如果公司账务管理规范（不限业务多少），可以申请成为增值税一般纳税人（一旦成为一般人就不能再转为小规模），一般纳税人通常开具增值税专用发票（也可以开普票，税率跟专票一样，根据行业而定），取得的进项发票可以正常认证抵扣，每月申报一次。