近期有不少企业咨询农产品加工企业加计扣除的账务处理问题，税务局也在落实享受加计扣除准确性的问题。农产品加计扣除离不开农产品抵扣凭证，所以要搞清楚加计扣除问题，首先要弄明白农产品抵扣凭证的类型及抵扣计算方法：一、农产品抵扣凭证：1、农产品销售发票：指农业生产者对外销售自产农产品开具的免税发票，抵扣时按照票面金额×9%扣除率；2、农产品收购发票：指农产品生产企业收购农民个人自产的农产品对其开具的免税发票，抵扣时按照票面金额×9%扣除率；3、小规模纳税人开具的专用发票：小规模纳税人销售农产品开具3%的增值税专用发票，抵扣时按照票面金额×9%扣除率，票面金额指不含税金额，注意此处不是按3%征收率抵扣，而是按9%扣除率抵扣；4、一般纳税人开具9%的专用发票：一般纳税人销售农产品开具9%的增值税专用发票，抵扣时按照票面税额抵扣。5、海关进口增值税缴款书：按照缴款书的税额抵扣。
二、根据《财政部 税务总局海关总署公告2019年第39号》第二条规定：纳税人购进农产品，原适用10%扣除率的，扣除率调整为9%。纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。我们先将农产品企业分为三种类型：第一类，农产品初加工企业；第二类，农产品深加工企业；第三类，农产品兼营初加工、深加工企业。第一类企业：2020年10月份购入取得农产品销售发票100000元，直接以120000元的价格对外销售，则计算抵扣与转成本分录如下：1、购入农产品时：借：库存商品91000 应交税费-应交增值税-进项税额9000 贷：银行存款100000本期缴纳增值税：120000÷1.09×0.09-9000=908.26元。2、结转产品成本时：借：营业成本91000 贷：库存商品91000
第二类企业：2020年10月份购入取得农产品销售发票100000元，生产加工后以120000元的价格对外销售，则计算抵扣与转成本分录如下：1、购入农产品时：借：原材料90000 应交税费-应交增值税-进项税额10000 贷：银行存款100000本期缴纳增值税：120000÷1.13×0.13-10000=3805.31元。2、生产领用时：借：生产成本90000 贷：原材料900003、完工入库时：借：库存商品 贷：生产成本4、结转产品成本时：借：营业成本 贷：库存商品
第三类企业：2020年10月份购入取得农产品销售发票100000元，其中有45000元直接以50000元的价格对外销售，另外55000元深加工后以70000元的价格对外销售，则计算抵扣与结转成本分录如下：1、购入农产品时：借：库存商品40950 应交税费-应交增值税-进项税额4050 贷：银行存款45000借：原材料49500 应交税费-应交增值税-进项税额5500 贷：银行存款55000本期缴纳增值税：（50000÷1.09×0.09+70000÷1.13×0.13）-（4050+5500）=2631.54元。2、生产领用时：借：生产成本49500 贷：原材料495003、完工入库时：借：库存商品 贷：生产成本4、结转产品成本时：借：营业成本-初加工40950 贷：库存商品40950借：营业成本-深加工 贷：库存商品
特别备注：企业既有初加工又有深加工的，农产品购入时应尽量分清用途，应该单独设立原材料库和库存商品库，分别核算直接销售出入库及深加工的出库情况。如果企业在购入农产品时无法确定是用于初加工还是深加工的，则应该在生产领用环节进行加计扣除计算。由于原材料入账时已经按照扣除率减去税款，而计算1%加计扣除的基础是农产品买价，所以在生产领用环节一定先将原材料还原为票面金额后，再计算加计扣除金额。仍以上述为例：购入100000元农产品时无法确定其具体用途，则1、购入农产品时：
借：原材料91000 应交税费-应交增值税-进项税额9000 贷：银行存款1000002、初加工结转成本：借：营业成本40950 贷：原材料409503、实际生产领用时：借：生产成本49500 应交税费-应交增值税-进项税额-550 贷：原材料91000-40950=50050本期缴纳增值税：（50000÷1.09×0.09+70000÷1.13×0.13）-（9000+550）=2631.54元，终结果与上述相等。在此，可能有人对加计扣除的550元不清楚计算过程，在这你要记住一点，如果是在领用环节计算加计扣除，你所领用的原材料需要换算成购入时的金额，即没有按照扣除率计算扣除进项税的金额×1%计算加计扣除金额。如果你采购的农产品取得的是农产品销售发票或者收购发票，生产领用原材料加计扣除金额=（领用的原材料金额÷0.91）×1%。如果你采购的农产品取得的是小规模纳税人开具3%的增值税专用发票，生产领用原材料加计扣除金额=（领用的原材料÷0.94）×1%。如果你采购的农产品取得的是一般纳税人开具9%的增值税专用发票或海关进口增值税缴款书，生产领用原材料加计扣除金额=领用的原材料×1%。
计算公式的比例会因税率、扣除率、征收率的变化而变化，其计算原理也比较简单，通过提取公因式就可以简化为上述公式，在此不做说明。
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