存在的问题
1.物流成本营运问题。
目前，国内走在前面的跨境电子商务网站比如敦煌网、速卖通、环球资源等网站主要以国内大的物流快递EMS作为主要合作伙伴为国外的客户提供物流支持。而国际上通用的快递公司例如
DHL、UPS、FEDEX等尽管运输速度快但因其价格昂贵。很少为海外顾客所使用。当前高昂的跨境物流成本制约跨境电子商务发展。
2.跨国物流体系不合理
跨境物流体系建设不合理主要体现在跨境物流的基础设施建设不完善[2]。跨境电子商务的贸易往来过程中涉及跨国际之间的运输、配送和仓储等环节，需要完善的物流体系来进行整体的运作和协调，同时也离不开基础的物流管理平台的支撑。而当前物流体系的建设滞后严重地制约了跨境电子商务的发展。
3.物流信息化程度低。
信息化是我国发展电子商务物流产业的重要基础[3]，而当前跨境物流的信息化程度还不到位，突出的反映是跨境物流企业的信息处理能力水平较低。在跨境电子商务中，各种物流信息的资源整合能力还不够强，信息的通信渠道还不够通畅，信息的完整性还得不到保证，这些问题都直接或间接地影响到跨境电子商务的发展。
4.政治、文化、法律、海关等风险
依据波特的 PEST模型，政治环境和社会环境的影响颇深。跨境电商涉及跨国交易，无法回避当地的政治、知识产权、区域习惯、政策变化等因素。乌克兰政变、越南政局动荡、巴西高赋税高福利、伊斯兰国家宗教信仰、东南亚排外政策和地方保护主义等诸多因素，对中国跨境电商物流都会产生较深的影响.
5.汇率风险
跨境贸易涉及到汇率兑换的问题。当一国货币贬值或升值时，税率就会发生变化，从而间接导致跨境电商利润的缩减。以卢布为例，自2013年起，卢布对美元和人民币的汇率下降，货币持续贬值。中国跨境电商在网上交易时用卢布结算，回款却是人民币，因为卢布的持续贬值，导致从事对俄业务的中国跨境电商利润下滑三、解决跨境电子商务中物流问题的对策.
6.退换货物流难以实现
中国跨境电商物流环节多、涉及面广，整个物流链条的各节点都会产生退换货物流，退换货也是困扰跨境电商的一大难题。电子商务的自身特点导致退换货比例高，物流周期长、货品质量问题、货品的丢失、海关和商检的风险、配送地址的错误等一系列问题，都导致了退换货物流的产生。尤其在欧美发达国家，当地“无理由退货”的消费习惯和文化，使得中国跨境电商的退换货率呈现持续增长趋势。由于涉及跨境通关和物流，退换货很难有一个顺畅的通道返回国内，各种相关成本的增加，甚至出现由退换货导致的费用严重超出货品的价值，这是中国跨境电商无法接受的，从而出现难以实现退换货的现象。
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