有下列情况的货物不得存入保税仓库：a．海关规定不得存入保税仓库的货物，如汽车、办公用品、家用电器等；b．按规定须提供许可证件而企业不能提供的货物，长途运输公司，如易制毒化学品、军民用化学品、废旧物资等；c．申报进仓货物超经营范围的；d．申报进仓货物超仓储能力的；e．申报进口备料仓库的保税货物超企业年加工生产能力。
自主管理的保税仓储物流企业，必须通过海关的严格审核才能营运。首先，自主管理的保税仓物流企业必须有很好的管理体系，还要有很好的诚信度，确保国家关税的征收，长途运输报价，决不偷税漏税，保税货物的物流过程必须符合中国海关管理规范，严格执行海关进出口报关规则；其次，自主管理的保税仓物流企业必须能为货主提供高质量的、符合要求的物流服务，其中包括能严格按照货主的要求进行备件的保管、存储、包装、配送、回收和退换，保证维修备件能正确、快捷、准时、保质地送达货主手中。
我国与发达国家在物流成本方面、周转速度方面以及产业化方面存在较大差距，福建长途运输，服务水平和效率方面都比较低。我国每万元gdp产生的运输量为4972吨公里，而美国和日本的这一指标分别为870吨公里和700吨公里。我国物流系统各环节的衔接较差，运转效率不高，长途运输服务，反映为货物在途时间、储存时间、基础设施劳动生产率等方面均有较大改善和提高的余地。仅以货运汽车的生产率水平为例，美运汽车的单车吨年产量约为66万吨公里，而中国这一指标仅为3万吨公里左右。
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