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霉菌及其毒素的污染，对鸡的各个系统各个组织都能造成损害，尤其是消化系统。如肌胃溃烂、腺胃肿大、肠粘膜脱落、肠道菌群失调等；临床表现就是拉稀、拉不消化饲料粪便。我国养鸡行业中流行的腺胃炎、肌胃腺胃炎，基本上都是由目前霉菌及其毒素引起的。但是，由于饲料霉变因素无法彻底排除，因而商品肉鸡要经常面临肠道不健康，消化系统功能不全的现状。

　　2使肉鸡拥有健康肠道的关键措施

　　2.1加强饲养管理
　　确保良好的种鸡营养，有助于提高雏鸡的初生重和整齐度；缩小雏鸡运输时间，避免运输过程的热应激或冷应激；提供良好的育雏条件和高质量的育雏料；避免使用低劣的油脂和高纤维植物蛋白原料，确保雏鸡阶段就拥有健康的肠道。
提供的饲料，其中所含的各种营养成分均衡，容易被消化吸收；保障机体健康。
选择优良水源，供给清洁饮水；遵循循序渐进的换料方式，杜绝换料应激；加强环境卫生消毒，保护好呼吸道，防止机体防御体系的第一道门户受损。

　　2.2加强垫料管理
　　垫料要松软、干燥、无污染；如果垫料的含水量太高，或者垫料表面板结，鸡只将长期暴露在湿滑和粘稠的垫料上而诱发肠道疾病。为了防止潮湿垫料变得更糟，应经常翻动或更换这些地方的垫料。此外，必须经常监控鸡舍的温度、湿度和通风情况，确保对垫料湿度的控制，确保垫料保持易散状态。在鸡舍内，必须保持足够的小通风量，这种小通风量应能有效防止舍内空气中的二氧化碳和氨气浓度超过有害水平。
　　要有高标准的饮水管理措施，每天记录饮水量，检查和调整水压，防止乳头饮水器漏水。

　　2.3防止霉菌危害
　　平时，多用脱霉剂、霉菌抑制剂、霉菌毒素分解剂等，同时多注意肠道梭菌的感染，注意对肠道综合征和霉菌性肠炎的控制。

　　2.4控制好球虫病
　　要落实好各项生物安全措施，严格控制非本场人员进出，严格执行进出清洗消毒制度，这些人包括：运雏人员，来场检查、免疫和称重的服务人员和生产经理等。
　　清洗、消毒和生物安全措施虽然不能有效预防球虫病，但在减轻球虫早期感染方面是重要的。药物对所有种类的球虫都有效，但存在抗药性的问题。近几年，由于球虫对一些药物已存在抗药性，球虫药的联合使用正变得越来越普遍（比如甲基盐霉素和尼卡巴嗪的联合使用）。