在使用超声波细胞粉碎机的时候，它的参数情况会直接影响到它的运行，因此这几项参数的设置是非常重要的，一定要根据实际设置成为合适的方式，这样才可以确保有的粉碎效果。这类粉碎机要设置的参数主要有时间，功率以及容器方面的选择。
1、时间：一次超声时间是不能够大于5秒，它的间隙时间可以和超声时间一样，或者是超过超声时间，这样可以让热量更好的散发。在设置时间的时候，超声时间可以短一些，次数可以多一些，这样可以让超声机子和探头使用的更久。
2、超声功率：在设置超声功率的时候，不能够太大，不然样品很可能会有飞溅或者有泡沫产生，要是样品在10毫升以下的时候，功率是低于200瓦，使用2毫米的超声探头，另外要把面板后面的变幅杆选择开关设置在对应的挡位;如果样品的容量在10到200毫升的时候，的功率范围是在200瓦到400瓦之间，使用6毫米的超声探头，同样也要把面板后面的变幅杆调整到对应的档位;如果样品的容量超过200毫升的时候，功率是可以在300瓦到600瓦之间，使用10毫米的超声探头，和所有步骤一样的是也要把变幅杆调整在相应的档位。除此之外要注意的是2毫米的小探头的功率不能够大于350瓦。
3、容器的选择：要使用多大的烧杯要根据样品的实际量来决定，这样可以让样品在超声里面有更好的对流效果，在粉碎的时候效果也更加。比如说，处理量在20毫升的时候，是选择20毫升的烧杯。
设备在使用的时候只有根据实际情况来对参数进行设备，才会有更好的粉碎效果，才可以更加的符合需求。