根据《无人驾驶航空器飞行管理暂行条例》第二章第十一条的内容，办理民用无人驾驶航空器运营合格证的作用重大，主要体现在以下几个方面：

一、合法运营的必备条件。

该条例明确指出，使用除微型以外的民用无人驾驶航空器从事飞行活动的单位，必须向民用航空管理部门申请并取得运营合格证。这意味着，只有持有运营合格证的单位才能合法地进行相关飞行活动，否则将可能面临法律风险和处罚。

二、对单位运营安全能力的认可。

申请运营合格证需要单位具备实施安全运营所需的管理机构、管理人员和操控人员，以及符合安全运营要求的无人驾驶航空器及有关设施、设备。同时，单位还需要有实施安全运营所需的管理制度和操作规程，并具备按照制度和规程实施安全运营的能力。通过运营安全评估后颁发的运营合格证，意味着该单位已经满足了这些要求，具备较高的运营安全能力。

三、信誉和竞争力提升

民用航空管理部门收到申请后，会对申请企业进行运营安全评估，根据评估结果依法作出许可或者不予许可的决定。予以许可的，颁发运营合格证;不予许可的，书面通知申请人并说明理由。

，办理民用无人驾驶航空器运营合格证对于从事相关飞行活动的单位来说具有重要的作用。因此，相关单位应当积极申请并取得运营合格证，以确保其飞行活动的合法性和安全性。