中国科学院水生生物研究所是从事内陆水体生命过程、生态环境保护与生物资源利用研究的综合性学术研究机构。水生生物研究所科学研究的总体目标是根据国家需求，针对水生态环境不断恶化和水质性缺水日趋严重这一我国和世界性重大问题，发展淡水生态学、水生生物多样性与资源保护、渔业生物技术和水环境工程研究，并通过这些研究在基础、应用基础与应用三个研究层次上的有机结合，为我国的水生态环境保护和渔业可持续发展作出基础性、战略性和前瞻性贡献。